Obserwacje należy przeprowadzać w okresie po wykłoszeniu się zbóż na wszystkich zbożach ozimych i jarych, względnie na wybranym gatunku zboża – najbardziej dominującym w danym rejonie (faza rozwojowa w skali BBCH 59).

Termin przeprowadzonej obserwacji jest dostosowany do najliczniejszego występowania tego gatunku, który licznie pojawia się zazwyczaj po wykłoszeniu się zbóż, a ponadto żerująca mszyca zbożowa wydziela spadź, na której rozwijają się saprofityczne grzyby.

Metodę obserwacji należy dostosować do wielkości pola. Analizować można same kłosy, a nie całe źdźbła. Ogólnie należy kierować się zasadą, że mszyce są nierównomiernie rozprzestrzenione w polu, wobec czego należy rozpocząć kontrolowanie kłosów 2m od brzegu pola. Z pola do 1ha analizować po 25 kłosów w różnych losowo wybranych punktach, ogółem 100-150. W przypadku większej powierzchni pola zwiększyć liczbę punktów o 1 na każdy następny ha. Z powierzchni pola ponad 5ha pobierać próby po 25 kłosów z nie większej ilości punktów niż 10. Kłosy należy analizować delikatnie, tak żeby mszyce nie pospadały. Analiza polega na określeniu liczby opanowanych źdźbeł.

W przypadku mszycy zbożowej jako gatunku jednodomnego, nie odbywającego sezonowo obligatoryjnej migracji związanej z niezbędną dla swojego rozwoju zmianą żywiciela, nie dokonuje się jak w przypadku mszycy czeremchowo-zbożowej (Rhopalosiphum padi) metodycznej długoterminowej prognozy. Można jedynie poprzez analizę częstotliwości gradacji szkodnika, które obserwowane są co 4-5 lat i intensywność występowania na roślinach żywicielskich w danym roku, a głównie w oparciu o analizę warunków pogody, panujących na początku wiosny w roku następnym, ostrożnie szacować stopień zagrożenia zbóż.